Fornleifavernd ríkisins heyrir undir mennta- og menningarmálaráðherra. Ákvörðunum Fornleifaverndar má skjóta til sérstakrar málskotsnefndar, Fornleifanefnd. Í dag vinna ellefu manns hjá Fornleifavernd ríkisins á sex starfsstöðum (Reykjavík, Stykkishólmi,  Sauðárkróki, Akureyri, Egilsstöðum, Skógum). Stofnuninni er best lýst með svokölluðu fléttuskipulagi.  Fyrir hverjum málaflokki fer deildarstjóri sem ætlað er að samræma aðgerðir og verklag á landsvísu. Minjaverðir vinna svo þvert á alla málaflokka. Öll stoðstarfsemi, eins og fjármálastjórn, er á hendi forstöðumanns, enda stofnunin fámenn. Í dag skiptast deildir eða málaflokkar í umhverfismál, skipulagsmál, skráningarmál og kirkjuminjar. Á landinu starfa svo minjaverðir fyrir Suðurland, Austurland, Norðurland eystra, Norðurland vestra og Vesturland. Minjaverðir Norðurland vestra og Vesturlands skipta með sér Vestfjörðum tímabundið. Deildarstjóri skipulagsmála hefur umsjón með Reykjanesi.