Jóhann Ásmundsson, safnstjóri Minjasafns Egils Ólafssonar, Hnjóti, hafði samband við Fornleifavernd ríkisins og lýsti yfir áhuga heimamanna á að láta rannsaka Flókatóftir. Fór hann þess á leit við Fornleifavend ríkisins að hún tæki að sér að grafa prufuskurði í Flókatóftir til að meta umfang þeirra og þó sérstaklega til að reyna að ná í prufur sem hægt væri að aldursgreina. Magnús A. Sigurðsson fór á staðinn ásamt Kristni Magnússyni, deildarstjóra hjá Fornleifavernd ríkisins og var dvalist við rannsóknir 20. og 21. september 2004. Magnús A. Sigurðsson sá um skýrslugerð.